2 листопада 1708 року — трагічна дата в історії України. Як повідомляє «Журнал, або Поденна записка... Петра Великого», 30 жовтня того ж року відбувся «воинский совет, на котором положено, дабы помянутому князю Меншикову с частию войска ити добывать Батурин, где Мазепины единомышленники полковник Чечель да генеральный есаул Кениксек с Черкассами засели». Фактично гетьманській столиці був винесений жорстокий присуд. До Батурина було стягнуто до 20 російських полків. Московський літописець Іван Желябузький у своїх записках за 1708 рік писав про неприступний батуринський гарнізон: «И он посылал к ним многажды, —констатував окольничий, — чтоб город отперли. И они не послушали, и стали палить из пушек». Про склад військ у зачиненому Батурині залишилось важливе для сучасності свідчення на допиті спійманого канцеляриста: «А в Батуринском де замке ныне войска четыре полка сердюцких, Чечелев, Покотилов, Денисов, Максимов, да казаки городовые полков Миргородского, Прилукского и Лубенского» (загалом 7,5—8 тисяч військовиків). Шведський учасник походу Цедергельм у свої споминах згадував «про першу атаку міста в понеділок (1 листопада.—Авт.) з 5000 люду». Вона була невдалою. Але завдяки зраді прилуцького полкового обозного Івана Носа, російське військо змогло проникнути у фортецю потайним ходом.
Останні години й хвилини батуринців, козаків, сердюків проходили у героїчному спротиві. Почавши вранці 2 листопада (а о шостій годині стояла ще суцільна темінь) удаваний штурм, російське військо, пробравшись тайником, вдарило підступно в ряди оборонців зсередини оборонних укріплень. «Завдяки цій енергії козаки були захоплені зненацька», — інформував стат-секретаря Бойля англійський посол Чарльз Вітворт. Піднятий по тривозі Ф. Кенігсек (один з керівників оборони), як читаємо у згаданому вище повідомленні, «ще не встиг розставити своїх людей в належний порядок» і був тяжко поранений.
Уцілілі від першої штурмової хвилі наступаючих козаки, сердюки, городяни мужньо оборонялись. За повідомленням Цедергельма, «ворог таки вдерся в кріпость, втративши більш як 3000 душ». Та й бій без головної переваги — артилерії на кілька сторін, у неясній обстановці, при відсутності старшин підрозділів (Мазепа взяв з собою на зустріч з Карлом ХІІ сотників, більшість полковників) вже не мав успіху.
Протягом двох годин переважаючі удвічі-утричі війська Меншикова завершили навальний наступ. Взятих же у полон в’язали в одну юрбу мотузками для майбутніх катувань.
Лизогубівський літопис дає широку панораму моторошної кривавої ночі загибелі гетьманської столиці: «...Войско заюшеное, а паче рядовые солдаты, понапившиеся (понеже везде изобилие было всякого напою) кололи людей и рубали, а для того боячися прочие в скрытых местах сидели, аж когда огонь обойшел ввесь город, и скрыты пострадали; мало еднак от огня спаслося и только одна хатка, под самою стеною вала от запада стоячая уцелела неякогось старушка; церков же в замку деревяная сгорела, в городе Тройцы Святой каменная верхами и работою внутрь огорела».
Літописці, посилаючись на свідчення очевидців, були спільні в оцінках масштабів трагедії українського міста: «Великий государь... град его стольный разори до основанія и вся люди посече» (Новгородський літопис), «Люди в нем бывшие вырублены, церкви разорены, дома разграблены и сожжены» (рукописний збірник ХVІІІ віку), «Город Батурин войска государевы, доставши, спалили и людей всех вырубали. Тогда зима прежестокая была: снеги превеликия и морозы такие сильные были, что и птицы мерзли» («Краткое летоизобразительное знаменитых и памяти достойных действ и случаев описание»). Подібний опис подавав у своєму щоденнику і шамбелян Карла ХІІ Адлерфельд, який загинув під Полтавою у 1709 р.: «Перебили і старих і малих, не оглядаючись на стать та вік, залишок жінок поцупили. Взяли сорок гармат. Спалили місто і 30 млинів, що стояли на річці Сейм. Все пограбували. Комендант родом прусак був взятий, з ним гірко вчинили».
Жертвами погрому 2 листопада 1708 р. у Батурині стали 5—7 тисяч мирних громадян, 6—7,2 тисячі військовиків, а разом 11—14 тисяч батуринців, сердюків, козаків.