Він народився 3 вересня 1864-го в селі Турівка Прилуцького повіту Полтавської губернії (нині Турівка — в Київській області). З діда-прадіда були Кононенки козаками, але дід Конон пропив себе за дві діжки оковитої поміщику Маркевичу. Тому самому Андрію Маркевичу, який написав «Історію Малоросії», у якого гостювали Куліш і Шевченко. Приятелем Маркевича був Іван Міхновський, священик у Турівці — батько Миколи Міхновського, ідеолога українського націоналізму.

Змалку Мусій Кононенко почав складати вірші на місцевому діалекті. Хоч був вільним, але злидні змусили йти в найми. Шістнадцятилітній Мусій подався до Києва, служив у професора Олексія Шкляревського. Той зацікавився своїм лакеєм, розповів приятелям про талановитого самоука. Мусія познайомили з М. Комаровим, у якого була велика бібліотека з українською літературою. «Увесь 1882 рік минув у мене за читанням української літератури», — писав Мусій. У 19 років він отримав подарунок від своїх благодійників: Ґалаґан і Шкляревський оплатили видання поеми Мусія «Нещасливе кохання».

Далі юнак вступив на Педагогічні курси в місті Новозибкові. Невдовзі його забрали на 5 років до армії.

Після армії взявся за перо, друкувався майже в усіх часописах Галичини. А на життя заробляв тим, що працював нічним сторожем в Одесі. Від одеського міського голови почув: «Извините меня, но держать писателей на службе ночного сторожа я не могу!»

Наступні 11 років працював на залізниці, дослужився до начальника пасажирського відділу Управління Південно-Західної залізниці. Залишив службу, купив шмат землі на Київщині й кілька років господарював. Увійшов до «Братства тарасівців», де були його земляк М. Міхновський, В. Самійленко, О. Черняхівський. Головним координатором цього гурту обрали М. Кононенка. 1905-го був арештований. До 1914 року перебував під поліцейським наглядом.

За часів УНР 1917 року М. Кононенка обрали до Правління Полтавського кредитового союзу кооперативів і «Союзбанку», жив у Полтаві. Після поразки визвольних змагань писав: «До волі ми не доросли, Ми знову станемо рабами, Сильніші духом та умом Коверзуватимуть над нами...».

1919 року поета арештували чекісти. Вийшов з тюрми хворий. Дружина перевезла його в Нові Санжари, де Кононенко влаштувався на роботу вчителя. Та влітку 1922-го помер. Поховали його у Нових Санжарах. Ім’я Мусія Кононенка забулося надовго. Аж у 1994 р. в Києві вийшла збірка «Хвилі», оплачена онукою поета, Оксаною Колесніченко, громадянкою США.