Він народився 9 листопада 1872 р. в родині сільського священика Сильвестра Лепкого на Поділлі у селі Крегулець. Батько був людиною освіченою, писав літературні твори під псевдонімом Марко Мурава, брав участь у виданні часопису «Правда», знав польську і німецьку мови (останньою навіть писав вірші). Перші уроки освіти та виховання майбутній письменник набував удома. Далі вчився у Бережанській гімназії, де згодом сам був учителем української та німецької мов і літератур. У 1899—1914 рр. перебував у Кракові. Друкуватися почав з 1895 р., був членом «Молодої Музи». Під час Першої світової війни провадив культурно-освітню роботу в таборах полонених. У 1925 р. повернувся до Кракова — працював професором Ягеллонського університету. У 1938—1939 рр. — член польського сенату у Варшаві.
Після Івана Франка Лепкий був, мабуть, найплодовитішим у нашій літературі. Протягом 1901—1927 років видав майже півтора десятка власних поетичних збірок, майже стільки ж — прозових (зокрема велику історичну трилогію про Мазепу). А ще писав численні нариси, видав 3- і 5-томне видання творів Т. Шевченка.
Окремий розділ у житті й творчості Богдана та його брата Лева Лепкого (1888—1971) — їхня спільна праця в галузі музики. «Чуєш, брате мій» — це пісня, яка навічно закарбувалася в пам’яті української нації (слова написав Богдан Лепкий, музику — його брат Лев). Це зародження і поширення ідеї стрілецького руху. Це ідея соборності українських земель, єдинокровності українців, котрі волею історичних обставин опинилися у складі військ Російської та Австро-Угорської імперій. Таких пісень у братів Лепких немало: «Ой видно село», «Коби скорше з гір Карпатів», «Маєва нічка», «Колись, дівчино мила», «Група «Схід», «Ой поїхав стрілець», «Ішов відважний гайовий», «Фіалки сині», «Прощаюсь, ангеле, з тобою».
У Кракові Богдан Лепкий, працюючи керівником кафедри української літератури, пізніше — професором Ягелонського університету, був душею тамтешнього молодіжного середовища.
Затим почалася Друга світова війна. Краківський університет було закрито, Лепкий залишився без роботи, без пенсії. Проте літературну працю він не покинув: написав книжку мемуарів «Бережани», перекладав з української на німецьку. Прагнення Б. Лепкого донести до іншомовного читача кращі зразки рідної культури йшло поруч із перекладанням творів класиків світової літератури українською. Б. Лепкий — універсальна постать у літературі, яка літературно оновлювала життя народу.
Уся творча спадщина Богдана Лепкого — понад 80 власних книжок, а ще він — упорядник і видавець 62 томів творів української класики з ґрунтовними дослідженнями, примітками, коментарями.
Письменник помер 21 липня 1941 р. у Кракові, похований тут на Раковецькому кладовищі, у склепі свого товариша Ігнатія Шайдзицького. На надгробку напис українською мовою «Богдан Лепкий, поет» і встановлений у 1972 р. барельєф письменника.
Колись він сказав про себе: «Я слави не бажав, а чинив все для свого народу».