Вихованець клубу, Шовковський виступав за першу команду протягом 24 сезонів(!) — з чемпіонату-1993/1994, коли він був переведений з «Динамо-2», і до першості-2016/2017, під час якої перед зимовою перервою він завершив кар’єру гравця. Загалом з 1994-го до 2016 року провів за «біло-синіх» 635 офіційних матчів.
З 2018-го по 2022 рік Шовковський входив до тренерського штабу національної збірної України, яку спершу очолював Андрій Шевченко, згодом — Олександр Петраков.