У 1929 році, коли над Україною вже витали чорні хмари сталінських репресій і атеїзму, від повного зубожіння і голоду владика помирає. Для радянської влади, однопартійної тоталітарної системи з концепцією великодержавного націоналізму, владика Нестор був чужою людиною. Людиною, яка не вписувалася у лекала комуністичного «раю» на крові мільйонів жертв, була із категорії «врагов народа». Уродженець Чигиринщини, козацького краю, після закінчення Київської духовної академії здобув ступінь кандидата богослов’я. Від 1917 року — активний учасник створення Української автокефальної православної церкви. 20 березня 1917-го на пастирських зборах був обраний до Центральної Ради. Співзасновник «Братства Воскресіння Христового», на установчих зборах якого проголошено необхідність автокефалії для української церкви, анексованої москвою у 1686 році.
У травні 1919-го владика Нестор бере участь у першому богослужінні українською мовою у церкві святого Миколая у Києві, у липні — у відправі першої літургії в тисячолітньому Софійському соборі. У 1926 році, після арешту митрополита Київського і всієї України Василя Липківського, якого академік Агатангел Кримський називав «апостолом українського релігійно-національного відродження», архієпископ Нестор став фактичним виконувачем обов’язків глави церкви.
У 1929-му замореного голодом святителя за рішенням Всеукраїнської Православної Церковної Ради поховали біля стіни Михайлівського приділу Софійського собору.
«Окупаційна влада не давала дозволу на похорон біля Софії, розглядався варіант поховати владику Нестора на Лук’янівському цвинтарі, але російсько-більшовицькі окупанти перелякалися, що похорон на Лук’янівському цвинтарі перетвориться на «мітинг українського націоналістичного елементу». Врешті мученика і сповідника віри поховали біля стіни Софійського собору», — зазначає релігієзнавець Андрій Ковальов.
У 1934 році радянська влада розпорядилася прибрати з-під стін храму надгробну плиту, а могилу владики закласти бруківкою. Нині ця плита зберігається в Національному заповіднику «Софія Київська».
Не набагато пережив свого соратника і Василь Липківський, який казав: «Влада скоро спостерегла, що Українська автокефальна православна церква виростає в міцну і для влади небезпечну гору, вона проголосила себе «автокефальною», незалежною від московського церковного руху, а незалежність церковна криє в собі думку і про незалежність державну; вона дуже захоплює народ... вона нарешті є національна, виховує народ в національній свідомості, а радянська влада проти всякої національної свідомості, особливо української». У 1937-му у віці 73 років Василя Липківського розстріляли. Де його могила — невідомо. Відоме лише місце поховання — Биківнянський ліс під Києвом, колись спецділянка нквс.
